茅子元采用天台宗教理，绘制《圆融四土三观选佛图》，以佛像、图形和比喻解说佛土的高低；简化并统一前人制作的念佛修忏仪式，制作《白莲晨朝忏仪》。

先前的净土结社，参加者之间只是松弛的社友关系，社与社互不相属。茅子元则将其改为师徒传授、宗门相属。

他在淀山湖建白莲忏堂，自称导师，坐受众拜；又规定徒众以“普觉妙道”四字命名；从而建立了一个比较定型的教门。

初期的白莲教曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州。但因教义浅显、修行简便而得以传播。

迄南宋后期，虽仍被一些地方官府和以正统自居的佛教僧侣视为“事魔邪党”，但已到处有人传习，甚至远播到蒙古统治下的北方。

元朝统一中原后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是元朝白莲教的两个中心。

白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成了一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。因其“在家出家”，不剃发，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有发僧。

元朝时由白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者千百，少者数十，规模堪与佛寺道观相比。堂庵供奉阿弥陀佛、观音、大势至（合称弥陀三圣）等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产。

有些头面道人勾通官府，交结豪强，成为地方一霸。

经过长期流传，元朝时白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。

有的教徒夜聚明散，集众滋事，间或武装反抗元廷统治。至大元年也就是元武宗继位时，朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止。元仁宗即位后，曾恢复合法地位。但十年后元英宗即位，活动又遭限制。

因此，许多地方的白莲教组织对官府抱敌对态度。加之其信徒以下层群众居多，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织成为率先反元的力量。