2012年1月18日，在国王杯四分之一决赛中，皇马首回合1：2不敌巴塞罗那，梅西在一次拼抢中受伤倒地佩佩踩踏其左手，但当值主裁并未看到也未给出处罚，赛后这一事件受到了西班牙媒体的强烈谴责，佩佩也因此遭遇西班牙足协警告。

2012年3月21日，皇马在客场被比利亚雷亚尔1：1逼平，赛后，佩佩因在球员通道辱骂裁判被西班牙足协追加禁赛两场。该赛季，佩佩和拉莫斯组成了极其稳健的中后卫组合，佩佩在西甲出场29次，各项赛事共出场45次，打进1球，帮助皇马第32次夺得西甲联赛冠军

2012年8月19日，在2012到13赛季西甲联赛揭幕战中，皇马客场1：1战平瓦伦西亚，佩佩在比赛中与自家门将卡西利亚斯相撞被送往医院。佩佩在穆里尼奥执教的前两个赛季均是主力首发人选，该赛季佩佩因与穆里尼奥发生冲突，逐渐失去主力位置，而取代他的是19岁小将瓦拉内。

2012到13赛季，佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场45次，贡献2球2助攻。

在2013到14赛季中，佩佩为皇马打进了个人职业生涯单赛季最高进球数，各项赛事出场48次，打进5球，其中包括4粒联赛进球，追平了在波尔图足球俱乐部于2006到07赛季创造的单赛季葡超联赛进球纪录。该赛季佩佩曾考虑离开球队，但当时皇马主教练安切洛蒂说服了他，并说到：“瓦拉内是很有天赋，但佩佩就是佩佩，我们对他有信心，他也给了我们信心，他会帮助其他球员，他对球队来说很重要”。

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在2014到15赛季中，佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场43次，打进2球并贡献3次助攻。2014年10月25日，皇家马德里主场3：1逆转战胜巴萨罗那，佩佩在第50分钟打进反超比分的关键进球。

在2015到16赛季中，佩佩代表皇家马德里在各项赛事出场30次，在欧冠联赛中出场9次，打进1球。在欧冠决赛首发登场，通过点球大战战胜马德里竞技夺得欧冠冠军。

2016到17赛季是佩佩效力皇马的最后一个赛季，因其伤病缠绕出场次数有所减少，在各项赛事出场18次，打进2球，帮助皇马第33次夺得西甲冠军，并拿下2016到17赛季欧冠冠军。

2017年6月，佩佩与皇马合同到期，皇马想要和他续约，但只给出一年合同，而佩佩期待的是两年合同，最终双方未能谈成。

2017年7月4日，土耳其超级联赛球队贝西克塔斯宣布正式与佩佩开始转会谈判，2年合同总价值950万欧元外加单场比赛奖金4000欧元。2018年4月19日，在土耳其杯次回合贝西克塔斯对阵费内巴切的比赛中，佩佩对苏萨铲球犯规拿到了来到球队的首张红牌。