同时，任命巩永固以内阁大学士、两江总督，总督北方抗清一切事宜。

史可法、高宏图图谋立桂王为帝，撤除兵部尚书、户部尚书衔，分别改任绍兴知府、宁波知府。

兵部尚书由巩永固兼任，原兵部主事金铉出任兵部侍郎。

刑部尚书由崇祯朝孟兆祥担任，户部尚书由左庶子李明睿担任，礼部尚书由钱谦益兼任，工部尚书由崇祯朝兵部右侍郎王家彦担任，吏部尚书由卢象升兼任。

刘文柄任京营总督，原两江总督府长史杨廷麟出任南京京营同知，曹化淳担任司礼监掌印太监兼东厂提督。

应天巡抚由苏州知府陈洪谧出任，卢象观出任苏州知府。

青浦知县万安被巩永固破格提升为应天府尹，一直负责《江南晨报》的徐孚远兼任户部员外郎。

巩永固本想提拔原大理寺卿凌义渠出任内阁大学士，不料，凌义渠认为自己罪孽深重，未能尽忠，拒绝出任朝廷官职。对于巩永固提议他担任大明书局经理的提议，他慨然应允。

原内阁大学士范景文认为自己反对崇祯南迁，导致崇祯自缢。他坚决不愿出任大学士，巩永固无奈，推荐他担任淮安知府。

两淮盐运使周亮工出任扬州知府，陈子龙出任松江府知府，巩永固的护卫、孙传庭之子孙世瑞出任华亭县知县。

艾双双出任南京十三门提督，合并羽林左卫、右卫为羽林卫，由协统姜宏出任指挥使，合并金吾前卫、后卫为金吾卫，协统方辉担任指挥使，锦衣卫指挥使由巩永固亲卫巩耀担任。

巩永固尚未出发之时，得到杨陆凯传来的消息，许德士和四名亲兵已经随山西范家的商队到达了盛京。

据报，顺治帝赐睿亲王多尔衮“奉命大将军”印后，多尔衮下令，十岁以上七十岁以下的男子一律从军，倾八旗之力，大举南下进军山海关。

得到巩德传来的消息，大顺军在京城拷掠官员勋贵得到白银七千万两。

同时，人心尽失，投降的官员后悔不迭。