后面文官集团精挑细选的十四岁小皇帝嘉靖帝朱厚熜，先是逼他认伯父为爹，紧接着不同意追封其生父为帝。
作为内阁次辅并即将成为首辅的杨廷和的嫡长子杨慎，不管是不是有真才实学，都应该选择避嫌，但杨慎不但没有避嫌，反而被点为状元，并进入翰林院成为风光无限的储相。
杨廷和致仕后，嘉靖启用张骢、方献夫、桂鄂等主持以清丈田亩、改革科举与刷新吏治的新政，为腐朽沉闷的大明社会注入了一股新的活力。
后面张居正以考成法与清丈田亩为核心的改革，大多借用了张骢的新政内容。
本想有一番大作为的嘉靖皇帝，在经历了两次纵火案与一次壬寅宫变后，为了小命选择躲进西苑修仙练道。
在连续册立的两位太子突然薨逝后，嘉靖帝不得不向士绅文官妥协，对于他们垄断官场与社会资源不再过于打压，躲在西苑得过且过地度完余生。
嘉靖帝的一生，被后世曹先生用贾敬这个角色进行了很好的影射，年轻的时候积极向上都想干出一番大事，但遇到不可抗的阻力后，都选择了避世来躲避灾祸。
有了正德、嘉靖与历史上天启帝的经验教训，朱由校不想与文官集团的关系非弄得你死我活，而是选择了扶持一派打压另一派，在均衡中把自己想做的一些事情给落实下去。
依靠方从哲等齐楚浙党打压不干人事的东林党，对于东林党，朱由校也没有一杆子打死，而是选择重用了他们中相对中立的徐光启与孙承宗。
为了避免齐楚浙党一家独大，朱由校又开始从他们内部中进行瓦解，先是将齐党中的亓诗教与周永春选为左都御史与三边总督，紧接着将出身湖广的李长庚选入内阁、熊廷弼回朝担任兵部尚书。
此外，朝堂中还保留有暂时无明确党派的毕自严、黄克缵、魏广微、黄立极与赵秉忠等人。