随着义军的被剿灭，堵塞了近三个月的京杭大运河重新恢复了运转。

徐鸿儒起义被剿灭后，郓城、巨鹿、嘉祥、济宁、滋阳、曲阜、邹县、汶上、东平等地的百姓户口大减，呈现一片“流亡壁立少炊烟”的景象。

为了震慑与恐吓民心，山东巡抚赵彦将战死的义军与被胁迫的百姓尸体收集起来，筑成一个个“京观”，并立碑为记。

参与围剿的几支官军，天津府军押着徐鸿儒等义军首领以及缴获的大量财物返回了天津，沈有容的登莱军乘着渤海水师的船队也返回了登州，高居平叛首功的禁军第十一营则沿着运河一路南下，回到了他们的驻地扬州。

至于山东都司与山东总兵标兵营，则留下了近一半的军队继续驻扎在兖州，以防义军的反复。

而战后叙功与确认官员得失时，禁军第十一营被评为头功，天津府军与王威的标兵营以及沈有容的等援军则是次功。

禁军除了接受外朝的叙功与奖励，也接受都督府的奖励。

有功必有罚，赵彦因督促山东军政不力，致使此次徐鸿儒起义事件发生，被罢官夺职。

徐从治因巡查不力，亦被罢官夺职，但又因平叛有功，被降为巨野县令。

郓城、巨野、曹州、嘉祥等地知州与知县，因迫害百姓导致起义发生，而后又弃城而逃，被判斩立决。

至于邹县、滕县、峄县、费县等处的知县，也因弃城而逃被斩立决。

至于原兖州知府张铨，虽然守住了济宁州，但兖州起义他有不可推卸的责任，跟徐从治一样，被贬为邹县知县。

至于赵彦与张铨留下的空缺，山东巡抚由山西左布政使南居益接任，兖州知府由杨嗣昌赴任，而徐从治原先担任的兖东按察副使罢黜。